O Parlamento do MERCOSUL possui em sua estrutura 4(quatro) Secretarias, responsáveis por diferentes atividades da instituição.
São elas:

Secretaria de Relações Institucionais e Comunicação Social: responsável pelo relacionamento do Parlamento do MERCOSUL com os Congressos Nacionais dos Estados Partes, os organismos do bloco, os cidadãos, as organizações sociais e comunitárias e a imprensa. Também é responsável por difundir as atividades da instituição junto aos meios de comunicação.

Secretaria de Relações Internacionais e Integração: responsável pelo relacionamento internacional do Parlamento com outros sistemas de integração (União Européia, Comunidade Andina, Comunidade Sul-Americana de Nações, etc.) e organismos internacionais (BID, ONU, OEA, OMC).

Secretaria Parlamentaria: tarefas de gestão e assessoramento das atividades parlamentares; Sessões Ordinárias, Extraordinárias e Protocolares; Reuniões de Comissões Permanentes e Especiais; Reuniões públicas. Igualmente é responsável pela documentação do Parlamento, Diário de sessões, biblioteca e arquivo.

Secretaria Administrativa: responsável pela administração do Parlamento y tem como funções: a gestão financeira e contábil, a correspondência oficial compartida com a Secretaria Parlamentaria, informática, e as demais tarefas administrativas referentes ao Parlamento.